Преображенское кладбище возникло во время эпидемии чумы 1771 года, захватившей Москву. Дворовой человек князей Голицыных, некий купец И. Ковылин, взявшись за организацию чумного карантина, под этим предлогом устроил за Камер-Колежским валом (сейчас Преображенский вал, дом 17-а) федосеевские богадельни. Старообрядцы стали селиться вокруг кладбища, которое так и называли «моровыми могилками» в течение всего XVIII века. В 1784 году Ковылин построил на кладбище Успенскую (Никольскую) церковь, через 12 лет – так называемый мужской двор с больничным корпусом, а в 1805-1806 гг. – часовню и женскую обитель, окружив ее каменной оградой, украшенной по углам башнями. В 1811 году там же был поставлен Крестовоздвиженский собор. Активная деятельность раскольников не понравилась императору Николаю, и по его распоряжению Успенская церковь была переосвящена в православную. Мужской двор в 1866 году был переселен на женский, а на его месте был открыт Никольский единоверческий монастырь. С приходом советской власти Преображенское кладбище продолжало очищаться от следов деятельности раскольников. Так, в 1920 году были закрыты все федосеевские молельни, кроме Крестовоздвиженской, призреваемые были выселены. В то же время был закрыт Никольский монастырь, в его кельях разместились трудовая школа и различные учреждения. Ценные памятники литературы, собранные в монастыре Хлудовым и Егоровым, были переданы в фонд Государственной библиотеки имени Ленина (сейчас Российская Государственная Библиотека), а монастырские иконы перешли на хранение в фонды Исторического музея и Третьяковской галереи. Успенская церковь перешла в руки обновленцев. Церковь Преображения была уничтожена в 1950-60-х годах.
Сейчас Преображенское кладбище входит в Восточный административный округ Москвы. Его площадь – 26 гектар. Государственное унитарное предприятие «Ритуал» осуществляет в настоящее время всю деятельность по обустройству кладбища. Постоянный архив по регистрации захоронений ведется здесь с 1953 года.
Действует сейчас и община Преображенского кладбища. Несмотря на потери в советское время, она активно осуществляет руководство другими общинами «федосеевцев» на всей территории России.
На Преображенском кладбище органично совмещены религиозные памятники, мемориалы героям войны, могилы известных деятелей прошлого и современности.
Так, за церковью расположена часовня-усыпальница основателя известной купеческой династии, Ф.А. Гучкова ( род.1775 - ум.1856). А прямо у входа на кладбище – часовня еще одного известного человека прошлого России – фабриканта В.Е. Морозова .
Самый первый Вечный огонь в Москве был зажжен на Преображенском кладбище, над братской могилой воинов, геройски погибших во время Великой Отечественной войны. В честь их на кладбище сооружен мемориал. Там же неподалеку - братская могила героев гражданской войны. В ней упокоены командиры и курсанты Второй пехотной школы, погибшие при подавлении белогвардейского мятежа в марте 1921 г. в Кронштадте. Целая когорта Героев Советского Союза покоится на Преображенском кладбище: К.В. Аксенов, А.С. Богданов, П.К. Богданович, М.И. Борисов, В.М. Горбань, П.И. Горячев, А.А. Денисов, Ю.П. Иванкин, С.А. Иванов, Т.А. Ковалев, Г.П. Коваленко, П.М. Коваленко, С.П. Мартышкин, Р.А. Ковалев, Д.С. Наруцкий, Н.Г. Посадник, В.С. Соловей, Г.В. Терновский, М.Х. Хохлов, И.В. Шмелев, В.П. Шорников, Д.Г. Юрков, Ф.С. Юрченко. Здесь и знаменитые деятели культуры и искусства – актеры Виктор Ардов, Виктор Байков, певец Семен Бойченко, актер-юморист Виктор Веселовский, актриса Александра Данилова, актер театра Моссовета М.Л. Львов, актриса и подруга Анны Ахматовой Н.А. Ольшевская. Не менее известные люди страны - бывший министр финансов СССР В.С. Павлов, разведчик Б.И. Кузнецов, спортсмены, олимпийские чемпионы В.Горобов, бегун В.Куц, мастер спорта по хоккею К.Локтев, знаменитый боксер В. Огуренков – все покоятся на Преображенском кладбище.
Постоянный архив по регистрации захороненных ведется с 1953 года.
В настоящий момент на кладбище осуществляются следующие виды захоронений:
